持续旅行的小智皮卡丘一行，访问了流传着「波导传说」的城镇。在城市的中心奥兰多城，举行着数百年前使用了<世界创始之树>的力量中止纷争的 “波导之勇者——亚伦”的祭典。小智与皮卡丘决定参加今年勇者对战。激烈的战斗之后，获得了冠军的小智当选为“波导之勇者”。城中举办了庆祝优胜者的盛大宴会。突然幻之宠物小精灵“梦幻”出现。然而梦幻却带着皮卡丘消失了身影。与此同时，“迷之宠物小精灵”「鲁卡利欧」数百年前的封印被解开，在小智面前显现了身影的！皮卡丘在哪？梦幻的目的是什么？还有，隐藏在鲁卡利欧身上的过去和波导传说的秘密是什么？带着所有谜团，小智与鲁卡利欧一起向着<世界创始之树>开始了冒险。