1900年2月27日，一个叫弗朗兹约翰的柏林人，以18条规章成立了拜仁慕尼黑俱乐部，首批拜仁的队员来了。 这支队伍崛起于1907年，当拜仁红队迁往在慕尼黑的雷欧普德斯特瑞斯的拜仁球场时 拜仁在一场公开赛中以8-1狂胜对手沃克队。
当1910年球队成为了东部地区的冠军时，他们的第一个真正的顶峰来到了。 接下来几年拜仁捍卫着他们尊严。 在那时他们队中的加贝尔第一次代表国家队出赛，那场比赛德国队以3比0战胜了比利时队。 从那以后，一切都在飞快的改变着，到了1920年，拜仁慕尼黑俱乐部拥有了700名成员并象今天一样成为了最大的俱乐部。
1926年他们成为了德国南部冠军。1932年他们2比0击败了法兰克福，成为了德国冠军，进球的是罗恩和克罗姆。拜仁成了德国家喻户晓的名字。
拜仁慕尼黑队在70年代达到鼎盛期，连续3届夺得1974～1976年欧洲冠军杯冠军，当时队中明星云集，“恺撒大帝”贝肯鲍尔和“轰炸机”穆勒就是队中成员。80年代的鲁梅尼格和当今的马特乌斯、克林斯曼都是在拜仁慕尼黑队名扬天下的。在这10年里，它先后夺得过7次联赛冠军、3次杯赛冠军。尤其是1986年，再次集联赛、杯赛双料冠军于一身，其骄人气焰一度压得老牌劲旅科隆、汉堡喘不过气来。遗憾的是，这一时期的拜仁慕尼黑虽然两次杀进欧洲冠军杯决赛，但终因技不如人而功亏一篑。
进入90年代，拜仁慕尼黑队前进的脚步大为减缓，在德国联赛中也失去了一支独秀的地位，尤其是在1991～1992赛季，竟然几番挣扎于降级队伍中，最终只取得可怜兮兮的第10名。第二年，励精图治的拜仁慕尼黑队在新教练里贝克的苦心经营下，逐渐复苏，加之重返母队的马特乌斯的推波助澜，拜仁昂首走出低谷，夺得联赛亚军。1993～1994赛季，贝肯鲍尔接替了不走运的里贝克出任主教练，并使拜仁获得冠军。接下来是特拉帕托尼，他虽然在队员和媒体中很有名，但还是没能帮拜仁拿到他们渴望的冠军。于是，雷哈格尔来了。伴随他的有克林斯曼、赫尔佐格、斯福扎等球星。但雷哈格尔也在下半个赛季离开了拜仁。
1997年，特拉帕托尼又回来了，带领拜仁成为1997和1998年的冠军。拜仁慕尼黑队在1999～2000赛季中以绝对优势夺得了桂冠，其实力达到了该队有史以来的巅峰。谁曾想队员们脸上的笑容还未消失，即接连遭受了两次惨败，痛失欧洲冠军杯和德国杯。这两次失败，尤其是5月26日对曼联队的冠军杯决赛的失利，给拜仁队以巨大的打击，被认为是该俱乐部百年历史中最黑暗的一天。 作为世界级强队，一个不可缺少的素质便是能够经受得起失败。拜仁慕尼黑队对待这次失败所采取的主要措施就是扩充实力备战新赛季的联赛和冠军杯赛。2000～2001赛季，拜仁在一直落后的情况下，奇迹般的在最后一轮超过领先的沙尔克04队，再一次蝉联了联赛冠军。更令拜仁球迷骄傲的是，他们终于在25年后，再次捧起欧洲冠军杯的奖杯。