某一年暑假，启人独自上路往冲绳探望表哥蒲添海，两表兄弟巧遇被数码暴龙追赶的少女，在千钧一发之际，蒲添海与基尔兽拯救了这名少女上原美波，上原有一部手提电脑, 在电脑内有其父发明的电子宠物软件，两表兄弟在电脑内看到一只石狮兽, 原来这只数码暴龙是上原的父亲发明来保护上原……地球上出现了一班邪恶的数码精灵袭击人类的电脑系统，令到整个地球陷入一片恐慌之中。石狮为保护上原及地球，连同基尔兽等数码精灵与邪恶数码精灵进行一场世纪之战……
　　あらすじ ：
　　ある時、デジタルワールドの片隅でオメガモンは、アポカリモンのデータの残骸から生まれたメフィスモンを追って激しい戦闘を繰り返していた。しかし、あと一歩のところでメフィスモンを現実世界へ取り逃がしてしまう。
　　一方、現実世界は夏休みの真っ只中。家業で休みがとれない両親に代わって、啓人は沖縄まで墓参りに行くことになってしまう。その頃、世間では自律思考をもった電子ペット「Vペット」が大流行。一家のPC一台に必ず「Vペット」一匹がいるほどで、今やネットワーク中に「Vペット」が溢れている。
　　しかし、まさかそれが、ある者の恐ろしい企みの一端とは誰も知る由も無く、啓人はしぶしぶ（ギルモンと共に）沖縄へ向かうのであった。
　　今、テイマーズの夏の冒険がはじまる。