2000年血腥除夕夜，贤知（唐泽寿明 饰）一派拼尽全力阻挠“朋友”的人类灭绝计划，但他们的反抗以失败告终。是夜过后，贤知一派被诬为屠杀人类的恐怖分子，而“朋友”则堂而皇之成为了救世主，为万众膜拜和敬仰。
2015年，贤知的甥女远藤神乃（平爱梨 饰）已成长为特立独行的青春女孩，她十分反感教科书对舅舅的污蔑，经常和老师发生争论。最终，校方决定将她和另一位曾对血腥除夕夜提出质疑的女孩小泉响子（木南晴夏 饰）送入“朋友乐园”。与此同时，曾在“朋友乐园”接受改造的异装癖男子偶然得知“朋友”的秘密，被警方杀害。目睹这一幕的神乃决定进入“朋友乐园”一探究竟。
另一方面，新的万国博览会将在日本召开，罗马教宗亦会在此时造访日本。被关在萤火虫集中营的阿区（丰川悦司 饰）越狱而出，贤知一派幸存的同志们纷纷聚首。在这个暗潮汹涌的时刻，人类的命运将再次改写……
本片根据浦泽直树同名漫画改编。
（影片简介中涉及的人名均以原著漫画中文版翻译为准）